新疆师范大学学报(自然科学版)于1982年创刊，主管单位和主办单位均为新疆师范大学。1999年被中华人民共和国科技部、国家新闻出版广电总局批准为正式刊物。
学报始终不忘初心、牢记使命，深入学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想，认真践行以习近平同志为核心的党中央治疆方略，特别是社会稳定和长治久安总目标，牢固树立“四个意识”，坚定“四个自信”,做到“两个维护”。坚持先进的办刊理念，以改革为动力,以发展为主题，以质量为生命，以特色为灵魂，明确目标，制定任务，狠抓落实，取得了较好的成绩，先后成为《中国学术期刊(光盘版)》收录期刊、《中国科技期刊数据库》全文收录期刊、《中国核心期刊(遴选)》数据库收录期刊、《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊、“万方数据库一数字化群”全文收录期刊、中国《CAJ-CD规范》执行优秀期刊、新疆维吾尔自治区科学技术协会资助期刊。
学报自然科学版以改革为动力,以发展为主题，以质量为生命，以特色为灵魂，明确目标，以展示和分享高校和相关科技人员的成果为目标，设置特色栏目有：一、资源与环境研究；二、能源与材料研究；三、竞技与体育研究；四、数理理论与应用研究；五、网络与信息技术研究；六、理科教育研究。